گروه گیاهپزشکی یکی از گروه‌های مهم دانشکده‌ی تولید گیاهی به شمار می‌رود که در سال ۱۳۷۳ با پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی مهندسی کشاورزی- گیاهپزشکی فعالیت خود را آغاز کرد. با توجه به ضرورت گسترش دوره‌های تحصیلات تکمیلی در کشور، این گروه در سال‌های ۱۳۸۲ و ۱۳۸۶ به ترتیب اقدام به پذیرش دانشجو در مقاطع کارشناسی ارشد بیماری‌شناسی گیاهی و حشره‌شناسی کشاورزی نمود و در سال ۱۳۸۹ نیز اولین دانشجویان مقطع دکتری بیماری‌شناسی گیاهی (گرایش قارچ‌شناسی) تحصیل خود را در این گروه آغاز کردند. تاکنون، نزدیک به چهارصد نفر در مقطع کارشناسی و بیش از پنجاه نفر در مقطع کارشناسی ارشد از این گروه فارغ التحصیل شده‌اند و تعداد زیادی از آن‌ها هم‌اکنون در بهترین دانشگاه‌های داخل و خارج از کشور به عنوان محقق و عضو هیات علمی مشغول به فعالیت می‌باشند. در حال حاضر، ده نفر از بهترین پژوهشگران و مدرسان کشور به عنوان عضو هیات علمی در تخصص‌های مختلف مانند کنترل بیولوژیک آفات و بیمارگرهای گیاهی، فیزیولوژی و سم‌شناسی حشرات، اکولوژی حشرات، قارچ‌شناسی، ویروس‌شناسی، سیستمانیک حشرات و کنه‌ها، رفتارشناسی زنبورهای گرده‌افشان و نماتدشناسی در گروه گیاهپزشکی مشغول به فعالیت می‌باشند.
از مهم‌ترین اولویت‌های پژوهشی گروه گیاهپزشکی می‌توان به موارد زیر اشاره نمود:
۱- کنترل بیولوژیک آفات و بیمارگرهای گیاهی
۲- سیستماتیک حشرات و کنه‌ها
۳- مطالعات سم‌شناختی با تاکید بر فرمولاسیون‌های جدید و ایرانی
۴- مطالعات بوم‌شناختی با تاکید بر آفات و بیمارگرهای نوظهور
۵- مدیریت تلفیقی آفات و بیماری‌های درختان میوه
۶- مطالعات فیزیولوژیک آفات و بیمارگرهای گیاهی
۷- مدیریت تلفیقی آفات و بیماری‌های گیاهان زراعی
۸- رفتارشناسی زنبورهای گرده‌افشان
با توجه به اهمیت کارآفرینی در توسعه اقتصادی کشور، گروه گیاهپزشکی در چشم‌انداز کلان خود قصد دارد کارآفرینی را محور اصلی برنامه‌های آموزشی و پژوهشی خود قرار دهد. آموزش مهارت‌های عملی بیش‌تر به دانشجویان این رشته به منظور مدیریت کلینیک‌های گیاهپزشکی و اینسکتاریوم‌های پرورش حشرات مفید (دشمنان طبیعی) از جمله سیاست‌های کلان این گروه در زمینه اشتغال فارغ‌التحصیلان رشته گیاهپزشکی می‌باشد.